Filogenia entre espécies de arroz - Eletroforese em gel de agarose
- Marta Santos
- 27 de mai. de 2024
- 3 min de leitura
Autores: Bonacho, Diogo nº5; Oliveira, Afonso nº1; Oliveira, Miguel nº23; Santos, Marta nº19; 12ºA
No dia 23/05/2024, foi realizada a 3ª e última sessão deste projeto. Nesta sessão realizámos a eletroforese em gel de agarose para podermos observar o DNA das amostras recolhidas. Por fim, com a utilização de um site percebemos a filogenia das nossas amostras.
A história evolutiva de uma espécie é representada por árvores filogenéticas. Nelas é possível perceber onde ocorreram eventos de diferenciação e quais as espécies apresentam que uma maior relação de parentesco. Para compreender melhor a ancestralidade comum das espécies, os investigadores têm de juntar uma série de informações sobre o organismo, como dados genéticos, bioquímicos e morfológicos.
Procedimento:
Colocar 1µl de tampão de amostra 6x numa folha de papel Parafilm;
Misturar 10µl de cada uma das amostras com o tampão de amostra;
Aplicar a amostra (DNA genómico ou produtos de PCR) previamente misturados com o tampão de amostra no poço de um gel de agarose previamente feito;
Efetuar a eletroforese em tampão TAE a 70 V durante 30 minutos;
Após a eletroforese, colocar o gel de agarose sobre uma fonte de luz ultravioleta para visualização das amostras e aquisição de imagem.
Explicação do procedimento: É colocado µl de tampão de amostra 6x (que contém glicerol, que serve para aumentar a densidade da amostra) numa folha de papel Parafilm onde os reagentes aqui colocados podem ser misturados posteriormente sem qualquer tipo de contaminação.
Seguidamente, temos a aplicação no gel de agarose, em que as amostras são aplicadas nos poços desse mesmo gel. A densidade imposta pelo glicerol, faz com que as amostras não se dispersem pelo tampão, obrigando a concentração nos poços.
Efetuamos depois a eletroforese a 70V, que aplica uma corrente elétrica ao gel. Como o DNA é negativamente carregado, ele vai para o polo positivo, porém a voltagem de 70V, faz com que haja uma migração controlada, existindo uma separação de moléculas de acordo com o seu tamanho.
Por fim, o gel é colocado sobre uma luz UV. O GreenSafe, ligado ao DNA, fluorescente sob luz UV, permite a visualização das bandas de DNA. As bandas mostram os diferentes tamanhos das moléculas de DNA.
Resultados:
Gene MatK: Pela observação da árvore filogenética conseguimos entender que todas as espécies partem de um ancestral comum. É possível identificar um ponto de ramificação que representa uma politomia (n40M,n41M,n42M,n43M,n44M,n45M,n46M,n47M e n48M).
Porém diferente destes táxons irmãos (organismos próximos entre si) observamos uma espécie (n49M) que está bastante longe dos restantes organismos sendo uma linhagem que se divergiu.
Gene rbcL: Pela observação da árvore filogenética conseguimos entender que todas as espécies partem de um ancestral comum. É possível identificar um ponto de ramificação que representa uma politomia (n40R,n41R,n42R,n43R,n44R,n45R,n46R,n48R e n49R).
Porém diferente destes táxons irmãos (organismos próximos entre si) observamos uma espécie (n47R) que está bastante longe dos restantes organismos sendo uma linhagem que se divergiu.
Conclusão: É possível concluir que ambos os casos são semelhantes e que, para cada gene, existe um táxon que está bastante longe dos restantes.
Reflexão sobre as principais aprendizagens realizadas:
Neste estágio, em parceria com o ITQB, onde estudámos as relações filogenéticas entre espécies de arroz adquirimos aprendizagens na área da bioquímica, mais em concreto na área da genética. Ficámos a conhecer uma ideia geral do trabalho de investigação em laboratório, as precauções e as técnicas envolvidas no processo do mesmo. Alguns dos conhecimentos adquiridos transpõem-se para a vida quotidiana como o caso do PCR (testes PCR à covid-19).
Bibliografia:
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